Acho que o que pode estar acontecendo é que o comando del não está correspondendo corretamente à pasta ".svn". Eu tive o mesmo problema e resolvi-o usando o PowerShell da seguinte forma:
powershell.exe "Get-ChildItem .\foldername -include .svn -Recurse -Force | Remove-Item -Recurse -Force"
Usar o acima sem o pipe para Remove-Item mostrará os resultados sem excluí-los.