Não há uma preferência geral que diga aos aplicativos se devem sair quando a última janela é fechada ou se devem permanecer abertos; esse comportamento é codificado no código deles.
Uma configuração geral não faria sentido, pois o comportamento depende do tipo de aplicativo. A Apple tem diretrizes sobre isso.
In general, quit when users close the last open window in your app. In apps that are not document-based, users generally expect the app to quit when they close the main window. If an app continues to perform some function when the main window is closed, it might be appropriate to leave it running after the user closes the main window. For example, iTunes continues to play after the user closes the main window. If users close the last remaining document window in a document-based app and switch to another app, it’s appropriate to quit the app.
Embora dizer a um aplicativo baseado em documento para encerrar quando a última janela é fechada faria sentido, provavelmente faria menos sentido dizer a um aplicativo como o painel de preferências para permanecer aberto quando a janela é fechada.