Não, não é o mesmo. Para um disco que está apenas armazenando dados, provavelmente não fará muita diferença, mas alguns discos têm coisas que seriam copiadas incorretamente, ou simplesmente não serão selecionadas por todos.
Por exemplo, se você selecionou e copiou arquivos para um novo arquivo, não foi possível replicar um CD inicializável como o CD do sistema operacional.
O ISO 9660 aka CDFS tem muitos meta-dados, que você pode precisar em alguns casos.
Os CDs podem ter hard-links , por exemplo. Eu tenho um ISO que cabe em um CD ~ 500MB, mas se você tentou uma cópia simples para o sistema de arquivos, parece ter mais de 1,2 GB de dados nele