Para definir cores em todos os quadros do emacs, pode-se mudar a face padrão:
(set-face-attribute 'default nil :background "black")
(set-face-attribute 'default nil :foreground "gray90")
Ou use o padrão-frame-alist:
(setq default-frame-alist
'((foreground-color . "gray90")
(background-color . "black")))
Eu tenho ambos em meus .emacs e pode haver uma razão ...