Se o comprometimento estava no nível do administrador, você não pode mais assumir que o sistema é confiável (qualquer arquivo poderia ter sido modificado para colocar uma porta dos fundos, mudar o comportamento, etc.) Então, para ser completo, você teria que reinstalar.
Se o compromisso estiver no nível do usuário, você pode simplesmente excluir / adicionar novamente o usuário.