The most obvious way would be to just delete the windows directory, but I don't have permission to do that. When I open the security settings and try to change them, I'm told that access is denied and I can't move on from there. I'm using administrator account.
Os SIDs no diretório existente do Windows não serão válidos, então você terá que redefinir os SIDs para o presente em sua nova instalação do Windows.
Você pode fazer isso clicando com o botão direito do mouse na pasta do Windows, indo para Propriedades & excluindo o SID existente e, em seguida, adicionando sua conta de usuário atual. Para completar isso, você também precisará alterar o proprietário dos arquivos (através da opção avançada). Mas na minha experiência, isso nunca funcionou bem em pastas individuais & não os aplica recursivamente a todos os subdiretórios.
Usando o prompt de comando, você pode usar os abaixo de dois comandos para apropriar-se das pastas & em seguida, redefina os SIDs.
takeown /r /d y /f *
icacls * /reset /t /c /q
Observe que isso não preserva ou respeita as configurações de segurança existentes, para executar somente se você quiser redefini-la.