Desculpe, não vi a tag OS antes de postar. Mas também funcionaria no Windows com Cygwin ou UnxUtils.
O comando a seguir calcula as somas de verificação MD5 para todos os arquivos no diretório do projeto e exibe aquelas com a mesma soma de verificação que um arquivo de referência:
find /path/to/project -type f -exec md5sum {} \; | grep $( md5sum /path/to/reference/file | cut -c1-32 ) | cut -c35-
Os comandos cut são usados para extrair a soma de verificação de 32 caracteres ( -c1-32 ) e o nome do arquivo (-c35- ) da saída de md5sum .