Este parece ser um problema conhecido entre o ffmpeg e o Audacity 1.3.x
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Meu palpite é que os empacotadores do Ubuntu decidiram não compilar o Audacity com suporte para as bibliotecas ffmpeg por causa desses problemas. Eu não sei quais versões estão no repositório oficial, já que estou usando o Getdeb.net. Posso confirmar que o que você disse não funciona para mim também, mas se aplica a todas as exportações do ffmpeg.