Acontece que depois de editar algumas coisas no modo de usuário único, meu terminal foi configurado para abrir o shell a partir do diretório raiz. Não posso fazer isso, obviamente. Mudou para o local do meu .bash_profile e tudo está funcionando novamente. Acho que devo procurar a solução simples antes de assumir que algo profundo no sistema foi alterado.
Editar: A correção foi feita na seção de preferências do aplicativo Terminal. Eu tenho o shell definido para abrir com a opção de comando (caminho completo). Antes da correção, o terminal estava carregando de / mas agora eu o consertei para que, no meu caso, o terminal seja aberto a partir do caminho ~ / .bash_profile. Como meu perfil não tem acesso direto a / o script de login falhou com uma mensagem de permissão negada.
Desculpe pela resposta não clara!