Não é provável que o Clonezilla tenha copiado erros físicos de um disco para outro; no entanto, é mais provável que seu controlador em seu laptop esteja começando a falhar.
Ou, outra solução provável é que você tem pastas que estão profundamente aninhadas umas nas outras (como pastas de músicas) e o chkdsk está tendo dificuldades com elas.
O Chkdsk é um utilitário antigo e não é infalível.
Você pode fornecer algum do erro que está recebendo do chkdsk?