As atualizações do Virtualbox sempre foram off-line & sempre preservou as VMs existentes & definições. (Pelo menos, desde o momento em que comecei a usar - ~ v2.0 em diante eu acredito).
Se você estiver executando uma versão desatualizada, o VirtualBox pode solicitar que você faça o download de uma atualização - provavelmente de seus página de download . Executar a atualização fará uma atualização no local. Os dados do usuário - ou seja, VMs, configurações, discos virtuais, imagens, instantâneos não serão tocados.