É por design - o Windows oficialmente suporta apenas uma partição em mídia removível , que é o que os thumbdrives são por padrão.
Existem ferramentas que mudam o bit removível (eu não tentei nenhum, mas o bootit do lexar é o que eu conheço, mas não consigo encontrá-lo) - que permitirá o particionamento, já que o drive USB será visto como um disco rígido, o que provavelmente seria a opção mais fácil.
Você provavelmente pode combinar as partições (depois de copiar todos os arquivos) com o gparted no linux, ou qualquer programa do tipo editor de partições no Windows.