Minha primeira impressão é que o Wine é um ambiente simulado do Windows que usa bibliotecas livres (e presumivelmente de código aberto) como uma alternativa às bibliotecas proprietárias da Microsoft. Essas bibliotecas produzem a mesma entrada e saída, mas usam meios alternativos para processar os dados. Isso explicaria por que há muito pouco impacto no desempenho.
Sim, isso é exatamente correto.
A maioria das pessoas assume que é uma camada de emulação, mas é mais um interpretador, gerenciando onde o Windows normalmente forneceria recursos e mapeando isso para o Ubuntu. É claro que há situações em que o Ubuntu (e seus drivers) não fornecem ou não podem fornecer os mesmos recursos (como os vários pipelines do Direct3D), portanto, em casos como esses, você geralmente vê sobrecarga do processo de tradução.
O maior caso disso é converter o Direct3D em OpenGL. É um processo muito sensível à latência. Isso está passando por um grande trabalho no momento (os "patches CSMT") para multissegmentar a tradução do OpenGL e os fluxos de comandos. IMO está chegando perto da velocidade nativa.
Mas se você estiver usando um aplicativo Windows OpenGL, é possível que você veja um desempenho nativo.
Os grandes problemas pendentes no Wine vêm principalmente da necessidade de reimplementar bibliotecas. Para os jogadores, este é basicamente o material mais recente do DirectX (DX10 e 11 ainda não foram implementados), mas existem todos os tipos de aplicativos que podem exibir bugs estranhos em caso de canto.