Tente isto:
:map <C-F12> <nop>
:map! <C-F12> <nop>
Veja:
:help :map
:help <nop>
No entanto, eu diria que ter uma tecla de atalho global definida deve "comer" os eventos principais para que o Vim nunca os veja. É possível dizer ao seu sistema operacional para se comportar dessa maneira? Afinal, isso provavelmente só resolve o seu problema para o Vim, e não para outros aplicativos.