Até agora encontrei o Flush, que tem opções de linha de comando que fazem meu trabalho, mas tem muito menos funcionalidade em comparação com outras.
Eu uso Flush
para iniciar ou parar downloads de torrent de instâncias em execução por meio de terminal.
Eu posso usar essas opções com flush.
--start={all,downloads,uploads} Start torrents
--stop={all,downloads,uploads} Stop torrents
nota: Eu não encontrei de qualquer maneira para fazer isso em Vuze.