Parece que há um bug na linha aparentemente vazia após NANO_PMAKE="make -j 12" . A explicação que vem à mente é que você tem finais de linha do Windows nesse arquivo. O Windows usa a sequência de dois caracteres 52 ( \r\n ) para armazenar uma linha terminando, enquanto o unix usa o caractere único 2 ( \n ), portanto, uma linha em um arquivo de texto do Windows possui um \r espúrio personagem no final quando lido em unix. Isso causa um problema silencioso nas primeiras linhas, onde o \r se torna parte do valor da variável e um problema visível na linha vazia onde o shell tenta interpretar \r como um nome de comando.
Execute dos2unix custom.conf (IIRC dos2unix está em uma porta no FreeBSD) ou perl -i -pe 's/\r$//' custom.conf . No futuro, preste atenção ao editar um arquivo unix no Windows - certifique-se de usar finais de linha unix, ou converter ao copiar o arquivo, ou apenas edite o arquivo diretamente sob unix.