Não sei por que o Thunderbird está tendo problemas, mas provavelmente houve alterações no arquivo de configuração entre as versões que precisam ser migradas.
Mais importante, por que você não está usando o icedove 3.0.11 do Debian? Está disponível no squeeze, e se você ainda está no lenny, você deve ser capaz de encontrá-lo nos backports. Se você está no etch ... você provavelmente terá que compilá-lo, o que pode não valer a pena.
Se a resposta é que 3.0.11 não é novo o suficiente para você, então eu tenho que perguntar por que 3.1.10 é, considerando que 3.6 e 4.0 estão fora agora:)
EDIT: O Debian Backports é uma grande fonte de software mais recente suportado em versões mais antigas do Debian.