Eu recomendaria o contador IPTABLES, você pode mostrar o contador de pacotes para cada regra no iptables usando
iptables -nL -v
a opção -v aqui mostra a contagem de pacotes e bytes.
O único problema é que você precisa ter uma regra correspondente (-j ACCEPT) para cada entrada de conexão.
Por exemplo, abaixo, a regra conta todos os pacotes TCP gerados a partir da minha caixa linux.
iptables -A OUTPUT -p tcp -j ACCEPT
Agora só preciso executar
iptables -nL -v
para ver os bytes e a contagem de pacotes usados.