A primeira coisa que faço no Windows é desabilitar a extensão do Adobe Reader no Firefox. A última versão realmente é uma droga.
Isso deve permitir que você faça o download dos PDFs novamente. Talvez queira abri-las no Adobe Reader ainda, mas a alteração do aplicativo padrão associado aos PDFs no Ubuntu deve resolver isso.
Clique com o botão direito do mouse em um arquivo PDF e selecione "Abrir com outro aplicativo". Escolha o seu aplicativo preferido e marque a configuração "Lembrar este aplicativo para arquivos PDF".