Sim, é permitido que os servidores respondam a solicitações HTTP / 1.0 com respostas HTTP / 1.1, desde que evitem recursos específicos de HTTP / 1.1 (como codificação em partes).
Não é apenas o topo e o fundo dos seus arquivos, pelo menos potencialmente. Você também pode encontrar esses cabeçalhos espalhados pelo arquivo (tornando um arquivo bastante corrompido).
Sem saber os detalhes da configuração do seu servidor, eu não poderia falar por que uma das suas configurações do Apache / PHP ignora a versão HTTP solicitante do wget, e a pessoa a respeita.
No entanto, observarei que as fontes de desenvolvimento atuais (que eventualmente serão wget 1.12.1, eu acho) incluem suporte para solicitações HTTP / 1.1 e conteúdo em partes. Não há pacotes deb disponíveis para isso, mas se você está acostumado a construir a partir de fontes, isso é uma opção. O último pacote fonte de teste (mais fácil de compilar, senão você tem que pegar um conjunto de pré-requisitos) está em ftp://alpha.gnu.org/gnu/wget/wget-1.12-2460.tar.bz2 , e atualizado pela última vez em 16 de março.