Eu acho que você já tem isso. :)
"gera automaticamente o TOC e depois tenta corrigir os problemas ..."
"..." corrigir "cabeçalhos de seções individuais"
Essa sempre foi minha experiência em fazer com que o TOC funcione como esperado no Word. Certifique-se de que você não tenha coisas formatadas como "títulos" que não sejam realmente títulos desejados no sumário, e vice-versa: certifique-se de que os títulos desejados no sumário sejam realmente formatados como "títulos".