use um documento transparente e passe pela sua imagem. Talvez você esteja ignorando o plano de fundo ... verifique-o ..
Quando copio uma imagem de um navegador e a colo no PS, a transparência fica preta. Quando clico em "Salvar imagem como" e abro a imagem com PS, as áreas com transparência parcial (50% transparente, etc) tornam-se não transparentes. Por que é isso? Eu tenho CS5.
É porque o Windows usa bitmaps de 24 bits ao copiar e colar.
Salve o arquivo no disco e use aberto com.
Você pode querer verificar se está colando em um tipo de arquivo que ofereça suporte à transparência. Se você fez um novo JPG, por exemplo, isso pode acontecer, já que o JPEG não suporta transparência. PNG faz.