Existem alguns diretórios ocultos em cada diretório de usuários que armazenam todas as configurações do programa, caches do Firefox ou do Internet Explorer e assim por diante.
Para vê-los, você precisa clicar em "Organizar" na janela do explorador e, em seguida, ir para "Opções de pasta e pesquisa". Na guia Visualizar, há uma opção para "Mostrar arquivos ocultos". Ao selecionar isso e clicar em aplicar, você verá essas pastas extras.
Seja o que for que você faça, não exclua essas pastas (especialmente a pasta "Appdata") pois elas contêm os dados necessários para seus programas e, portanto, por que estão ocultas, você pode causar danos a programas instalado e pode exigir que você os reinstale.
Para ser completamente honesto, a menos que você tenha um motivo real para ver as pastas ocultas ou saber o que está fazendo, eu as deixaria ocultas.
Se você tiver que limpar o sistema para liberar espaço, eu recomendaria uma ferramenta como CCleaner que possa remover ou limpe muitos tipos de arquivos temporários que você não precisa e faça isso com muito mais segurança do que simplesmente excluir todo o lote.