Você pode configurar o Samba no servidor linux, para fazer um compartilhamento do Windows. Você pode então usar o robocopy (use a opção / mir para espelhar) os arquivos entre os dois. Há uma tonelada de opções com o robocopy (que é construído no servidor 2008) para controlar o número de threads (arquivos copiados ao mesmo tempo) com que freqüência sua execução, quais permissões para replicar, etc.
tente executar:
robocopy /?
no seu servidor windows para uma lista de opções.