Isso deve ser muito fácil, dependendo de qual ferramenta você está usando para formatá-lo com o Ext4 e o NTFS. Eu recomendaria usar um Live CD do GPartEd. Eu sei de muitas pessoas que têm um sistema de dual boot com um sendo um sistema Linux, como o Ubuntu 10.10 com um sistema de arquivos do Ext4 eo Windows 7, obviamente, com um sistema de arquivos NTFS. O tempo em que a unidade é interna ou externa não tem relevância para o sistema de arquivos em uso. Você pode usar qualquer sistema de arquivos que desejar.
= Boa sorte