No momento só é possível configurá-lo diretamente no driver hid_magicmouse.
Para execução de testes:
sudo rmmod hid_magicmouse
# scroll-speed value from 0 (slow) to 63 (fast):
sudo modprobe hid_magicmouse scroll-speed=45 scroll-acceleration=1
Para configurações permanentes, coloque o arquivo /etc/modprobe.d/magicmouse.conf:
options hid_magicmouse scroll-speed=45 scroll-acceleration=1