Uma vez instalado no MBR, ele deve ser capaz de inicializar o Linux Mint sem passar pelo GRUB na partição lógica. Instalar o GRUB no MBR é completamente seguro, desde que a versão Mint seja nova. O GRUB pode inicializar diretamente no Windows 7.
Além disso, o GRUB não está realmente fazendo nada com a partição lógica, então não há problema em deixá-la.
Simplesmente, a área para a qual você instalou não pode ser usada para mais nada, então, mesmo que você a tenha removido, você não ganharia espaço.