Você geralmente tem duas opções:
- ou formatá-lo em uma unidade enorme (com NTFS),
- ou formate-o em várias partições menores e use-as para finalidades diferentes.
Eu recomendaria criar uma partição do sistema e uma partição "todo o resto". Faça a unidade do sistema 50-100GB (ei, você tem espaço suficiente) - que será suficiente para qualquer tipo de instalações de software. Deixe a outra partição preencher o disco e usar isso para armazenar seus dados, filmes, downloads, o que for.
Depois, use outro disco físico usado para backup e lembre-se de fazer backup regularmente. (Nunca use uma partição como destino de backup para outra partição no mesmo disco = inseguro!)