Como Thefourtheye disse, o seu Windows está no modo de hibernação. Se você selecionou intencionalmente esse modo, um desligamento limpo deve funcionar.
O que eu gostaria de acrescentar é que, se você tiver o Windows 8, por padrão, mesmo quando você desligar o computador, o Windows irá para a hibernação. É chamado de "modo híbrido" de "inicialização rápida": quando você seleciona o desligamento no Windows 8, as sessões dos usuários terminam, mas o sistema entra em hibernação.
Se você tiver o Windows 8, também será necessário desativar a "inicialização rápida":
- Abra o Painel de controle e clique em Opções de energia ;
- Clique em Escolha o que os botões de energia fazem ;
- Clique em Alterar configurações que estão atualmente indisponíveis ;
- Nas configurações de Desligamento , marque a caixa Ativar inicialização rápida e clique em Salvar botão de alterações .
(Você pode querer pesquisar "desativar o Windows 8 inicialização rápida" em seu mecanismo de busca favorito, como alguns tutoriais disponíveis têm screenshots.)
Agora, um futuro desligamento do Windows 8 deve fazer um desligamento normal. Ele desmontará os volumes NTFS, permitindo que eles sejam montados posteriormente no Ubuntu.