Você só precisa fazer isso no seu diretório pessoal, pois os arquivos do sistema em /etc, /var or /usr
já estão configurados da maneira que você deseja por padrão:
Você pode remover a permissão de gravação do arquivo para todos (usuário proprietário, grupo e outros). Desta forma, o arquivo será legível por você (ou o proprietário do arquivo) e não será gravável (ou excluído / movido) (obs: e também não editável)
Via linha de comando:
chmod -w filename
para diretórios (recursivos para todos os arquivos dentro): chmod -R -w diretory
Obs: você precisa usar o sudo para aplicar esses comandos somente se você não for o proprietário do arquivo.
Através da interface gráfica no Nautilus:
Clique com o botão direito no arquivo e vá para as permissões para ajustar.
Você pode ver uma explicação mais detalhada sobre as permissões na Ajuda do Ubuntu