Eu tive esse problema antes e o motivo foi que algum outro processo (ou mais provavelmente eu por acidente usando o sudo :) estava mexendo com os direitos de arquivo dos meus arquivos profile- / mailbox. Parece que apenas iniciar o Thunderbird com direitos de root pode causar isso.
O Thunderbird não pôde ler nenhuma informação do perfil e se comportou da maneira que você descreveu. Não me pergunte porque ...
A correção foi chown e chmod the profile-dir recursivamente.