Uma maneira crua é ping
localhost e redirecionar a saída para NUL
para suprimir a saída.
ping localhost -n 31 >NUL
Você precisará alterar seu script também:
cls
rem Starting app
set CLASSPATH=.;.\lib\
title App1 starting
start java app/StartMe
ping localhost -n 31 >NUL
taskkill /F /IM java.exe
Portanto, este script iniciará seu aplicativo java, aguardará 30 segundos e eliminará o processo java