Eu tive esse mesmo problema, e isso funciona para mim:
plink -load null host -l user -pw password
Onde "null" é uma sessão inexistente.
A única maneira de o comando a seguir funcionar para mim é quando a conexão padrão salva do putty não define um parâmetro do host.
plink -l user -pw password myhost command
O resultado é:
myhost: Command not found.
Em vez disso, o que preciso digitar é:
plink -l user -pw password command
E o host é retirado da conexão padrão do putty.
É a maneira de contornar isso? Eu quero tanto a conexão padrão em massa, mas também quero a capacidade de especificar meu próprio host para plink.