Com segurança é uma coisa difícil.
Lembre-se, todos os vírus não são prejudiciais até serem executados, desde que você não execute nada (e por segurança, nem use o Windows Explorer, pois clicar em um arquivo pode gerar uma prévia e é tecnicamente possível para executar um vírus - se o programa de visualização tiver uma vulnerabilidade).
Para Linux, Siga este guia - Você pode extrair e obtenha as ferramentas necessárias para montar um disco rígido VMWare (arquivo .VMDK) no sistema de arquivos local. Você pode então usar qualquer scanner de vírus e digitalizá-lo como se fosse um arquivo local.
Para uso futuro, eu pessoalmente usaria uma máquina dedicada que é para essa tarefa, ou configuraria uma nova VM e instalaria tudo normalmente, incluindo o anti-vírus, e você poderia adicionar discos rígidos virtuais adicionais (ou físico usando passagem USB) e digitalizar de uma VM.
Espero que isso ajude.