Não, a inicialização dupla não pode causar nenhum dano ao seu disco rígido. Ele armazena apenas o começo e o fim de partições , cada qual contendo um sistema de arquivos . As partições simplesmente dizem em qual byte do disco o sistema de arquivos inicia e termina. O sistema operacional funcionará apenas dentro dessa área. Então, se a sua tabela de partições ficar confusa, você poderá obter alguns resultados muito interessantes. Isso poderia danificar seriamente seus dados , mas seu disco rígido não se importaria. Para o disco rígido, cada byte é tão bom quanto outro.
Particularmente no Windows, é bastante comum que os discos rígidos pareçam mais lentos com o tempo. Não é porque o disco fica mais lento, mas porque os dados ficam espalhados, o que significa que o disco rígido precisa fazer mais trabalho para realizar o mesmo trabalho. Você pode desfragmentar seu disco no Windows usando suas ferramentas internas ou ferramentas de terceiros, como o Perfect Disk.
Uma coisa que você deve estar ciente, é que isso acontece mais rapidamente se o seu sistema de arquivos estiver muito cheio. Se for uma opção, você deve sempre tentar ter pelo menos 20% de espaço livre. Então, se, durante a instalação do Ubuntu, você redimensionou sua partição do Windows que deixou muito pouco espaço livre, isso pode explicar por que ela fica mais lenta.
Além disso, dois sistemas de arquivos não afetam um ao outro, e o disco não se importa com os sistemas de arquivos.