Eu acho que você deveria ficar com Percona. Tanto o Percona quanto o MariaDB são muito melhor suportados, especialmente no Ubuntu, do que as distribuições do MySQL da Oracle. Seguir a rota do Oracle levará a muitas incompatibilidades com o modo como o software está sendo gerenciado, configurado, iniciado / interrompido etc. no Ubuntu (ou em outras distribuições derivadas do Debian).
5.6 é muito novo (desde fevereiro de 2013, o pacote minor é alpha-60), então o método apt-get ainda não é totalmente suportado (pelo servidor-5.6) por Percona, até onde eu sei. Você pode baixar os pacotes 5.6 * .deb para o Ubuntu 12.04 em percona.com/downloads/ e então usar 'sudo dpkg - eu localmente para instalá-los.
Aconselho vivamente contra a instalação de pacotes RPM no Ubuntu / Debian devido a muitos problemas de incompatibilidade que possam surgir.
Outra alternativa, e IMHO, melhor: ficar com 5.5 (mais recente, na verdade, é 5.5.29, então já inclui muitos dos itens de 5.6) por mais algum tempo, e mudar para 5.6 (nome do pacote: percon- servidor-servidor), uma vez que está fora de alfa. Não deve demorar muito agora. Para fazer isso siga as instruções aqui