Você está no superusuário, então eu vou recomendar o Mozy. Sua versão 2.0 é muito legal: faz o backup local e faz o backup de seus servidores. Carbonite é o seu grande concorrente, eles podem ter uma oferta semelhante. Ambos oferecem serviços de nível profissional.
Se isso for para um grande negócio e tiver que ser tratado internamente, basta apontar para você em serverfault.com .
Se você já consultou esses serviços e precisa fazer Do-It-Yourself, não sei o suficiente para ajudá-lo. (mas alguém com certeza virá em breve). Eu usei apenas uma versão gratuita do Acronis que veio com o drive Seagate. Mas eu ouço a versão completa dos joelhos da abelha.
Dito isso, sou um grande fã de não reinventar a roda e sugerir uma segunda olhada nesses serviços. Eles oferecem toda a segurança e agilidade que você queria, e são bem baratos.