Tive o mesmo problema em 12.10 e isso estava me enlouquecendo. O problema parecia ser causado pelo uso do tema de ligação de teclas do Emacs, conforme descrito nos links dados por outros, exceto que, de acordo com o GConf, eu ainda estava usando o padrão.
Percebi que isso agora está definido em DConf , independentemente das configurações no GConf.
Para alterar este DConf aberto e navegue para:
org > gnome > área de trabalho > interface > gtk-key-theme
Se a configuração lá for Emacs, mude para Default.
Problema resolvido. Pelo menos para mim.