Eu tenho o mesmo problema, é por isso que eu estava pesquisando e encontrei sua pergunta aqui. Eu também estou usando o AutoHotkey e também tenho uma tecla de atalho para uma janela do explorador que inclui a tecla "Shift". Sua primeira resposta ajudou a minha e eu pensei sobre isso novamente.
Eu descobri que o AutoHotkey NÃO está causando o problema, mas exploro quando ele é iniciado enquanto pressiona a tecla "Shift". Você pode confirmar isso abrindo um diretório enquanto segura a tecla Shift no explorador. Isso causa o mesmo problema.
De qualquer forma, infelizmente eu ainda não tenho outra solução para isso do que NÃO usando o Shift hey para a tecla de atalho para abrir um diretório.