com rename ( prename ):
rename -n 's/^bla\.super\.lol\.[sS](\d+)[eE](\d+)\..*(\.mp4$)/se/' *.mp4
-n executa a execução a seco, se você estiver satisfeito com a renomeação em potencial, basta remover -n para permitir que o renamimento real ocorra:
rename 's/^bla\.super\.lol\.[sS](\d+)[eE](\d+)\..*(\.mp4$)/se/' *.mp4
Exemplo:
$ ls -1
bla.super.lol.S01E03.omg.bbq.mp4
bla.super.lol.S01E04.omg.bbq.mp4
bla.super.lol.s03e12.omg.bbq.mp4
$ rename -n 's/^bla\.super\.lol\.[sS](\d+)[eE](\d+)\..*(\.mp4$)/se/' *.mp4
bla.super.lol.S01E03.omg.bbq.mp4 renamed as s01e03.mp4
bla.super.lol.S01E04.omg.bbq.mp4 renamed as s01e04.mp4
bla.super.lol.s03e12.omg.bbq.mp4 renamed as s03e12.mp4