Não exclua arquivos como este, é para isso que serve o gerenciador de pacotes. Você tem sorte de que nada dependesse dos arquivos removidos. Mas você poderia ter economizado mais espaço em disco removendo o restante dos pacotes (além do próprio kernel, há módulos e mais algumas coisas).
Você pode descobrir a que pacote um arquivo pertence com um dos comandos abaixo ( dlocate é mais rápido, mas deve ser instalado primeiro):
dpkg -S /boot/vmlinuz-*
dlocate -S /boot/vmlinuz-*
Depois de testar se um kernel recém-instalado funciona, você pode remover com segurança os antigos. O pacote contendo um kernel é chamado linux-image-version-flavor . O comando uname -r mostra qual versão e sabor você está executando (não remova esse!).
Você também pode ter linux-headers-version-flavor ; isso é útil apenas se você for compilar módulos adicionais que não estão na distribuição principal do kernel.