HKEY_CURRENT_USER contém as chaves de registro para o usuário que você está executando como, por exemplo, sua conta. O sistema mantém todos os seus dados sob as outras seções, como HKEY_LOCAL_MACHINE, etc.
No pior caso, você limpou sua conta de usuário. Imediatamente, crie uma nova conta de usuário que seja um administrador, portanto, se você não puder fazer login novamente com sua própria conta, ainda poderá entrar e corrigir os danos. Se tudo for para o inferno, use essa segunda conta para fazer login, exclua sua pasta de perfil de usuário e faça login novamente como sua conta normal. Ele criará um novo diretório de perfil com seção HKEY_CURRENT_USER recém-cunhada.
No melhor dos casos, você pode perder algumas configurações e preferências. A chave do software é onde os aplicativos devem armazenar seus próprios dados, para que possam se comportar como se nunca tivessem sido executados antes. O Windows armazena dados relacionados à sua conta de usuário em HKCU \ Software \ Microsoft, portanto, suspeito que esse não seja o caso.