Eu não faço parte da Canonical, então não posso dizer qual é o plano, mas atualmente, mako, flo e hammerhead não suportam alarme de rtc (além disso, o RTC do hammerhead é meio quebrado / renderizado por outro quebrado coisas). No entanto, existem algumas correções no kernel do CyanogenMod para mako e flo que parecem consertá-lo [1], então é provavelmente possível fazê-lo funcionar.
[1] por exemplo, este commit: link