Tente usar o Dropbox para sincronize os arquivos PDF para o seu iPhone.
Existe uma maneira de sincronizar arquivos PDF no Mendeley com o aplicativo iBooks no iPhone. Como alternativa, existe uma maneira de sincronizar os arquivos com qualquer leitor de PDF no iPhone?
Tente usar o Dropbox para sincronize os arquivos PDF para o seu iPhone.
Se você puder fazer o download desses PDFs para o seu computador, basta arrastá-los para a biblioteca do iTunes. A subseção "Livros" será criada (se ainda não estiver) ao lado de Músicas, Filmes, Podcasts, Aplicativos, etc. e você poderá sincronizá-los facilmente com o seu iPhone.