Uma boa razão é que, se você remover algo de um jarro, corre o risco de quebrar dependências de outras classes no jar. Mas, eu concordo que isso é babar um usuário que pode saber o que pode ser removido com segurança.
Você pode contornar isso com bastante facilidade, renomeando o jar para um arquivo .zip e manipulá-lo com o seu editor favorito .zip (o Windows File Explorer fará isso). Renomeie-o de volta para um .jar quando terminar. Os arquivos jar usam compactação e compactação padrão do zip ...