O programa chamado 'gscan2pdf' digitaliza diretamente para o pdf, e se o seu scanner tiver um alimentador de documentos, ele automaticamente combinará as várias páginas em um único arquivo pdf. Ele também pode executar o software ocr em cada página das varreduras e executar o alinhamento / correções quando necessário.
No Ubuntu, você pode encontrá-lo em "Aplicativos - > Gráficos". Se não estiver lá, você poderá instalá-lo com o recurso 'Gerenciador de Pacotes Synaptic', com uma busca rápida por 'gscan2pdf'.