Não, isso não acontece. Faz apenas o que diz: copie a partição.
Eu sugiro que você leia com atenção o artigo EASEUS Partitioning Basics .
O MBR não faz parte de nenhuma partição, portanto, a inicialização não lhe dirá nada.
Você precisa copiar o disco inteiro para copiar também o MBR.
Alguns produtos de backup de partição também salvam o MBR ao fazer o backup de uma partição.