Tente um programa como JACK ou possivelmente Cabo de áudio virtual .
O JACK funciona como um patch bay de estúdio de gravação, permitindo que você faça a entrada de áudio de uma fonte ou programa e redirecione-o através de outros programas para processamento antes de acessar o hardware de áudio.
Para o seu uso, você usaria o JACK para rotear o áudio através de algum tipo de plugin compressor (VST ou similar), que não alteraria o volume de sons acima de um certo limite, mas aumentaria os volumes de sons de baixo volume.
Eu nunca experimentei o Virtual Audio Cable, mas o vi recomendado em outra pergunta e parece basicamente o mesmo que o JACK.