Se você estiver usando o jdownloader2 beta, entre no diretório cfg, onde você deve encontrar um número de arquivos downloadListXXX.zip onde XXXX é um número. Desligue o jdownloader2, renomeie ou copie o arquivo mais recente em downloadList.zip (salve seu existente downloadList.zip somwhere se ele existir) e, finalmente, inicie o jdownloader2 e a maioria dos seus links de download deve ser restaurada.