Do wiki do compiz:
Windows não atualiza
Ao usar o driver Intel ou ati com o AIGLX, você pode notar que todas as janelas parecem estar congeladas mesmo quando você interage com elas. Nada em qualquer janela é atualizado até você girar o cubo ou alternar as viewports.
Adicionar a seguinte linha à seção Device do seu arquivo /etc/X11/xorg.conf deve corrigir o problema:
Option "XAANoOffscreenPixmaps" "true"
Eu tive o mesmo problema, e isso funcionou para mim. Você provavelmente já tem um arquivo xorg.conf.failsafe; modifique e salve como xorg.conf